Roman Bushuiev

All publications

Latest publications

MassSpecGym: A benchmark for the discovery and identification of molecules

R. Bushuiev A. Bushuiev N. F. de Jonge A. Young F. Kretschmer R. Samusevich J. Heirman F. Wang L. Zhang K. Dührkop M. Ludwig N. A. Haupt A. Kalia C. Brungs R. Schmid R. Greiner B. Wang D. S. Wishart L. Liu J. Rousu W. Bittremieux H. Rost T. D. Mak S. Hassoun F. Huber J. J. J. van der Hooft M. A. Stravs S. Böcker J. Sivic T. Pluskal

Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS) 38: 1-31 (2024)

Revealing data leakage in protein interaction benchmarks

A. Bushuiev R. Bushuiev J. Sedlář T. Pluskal J. Damborský S. Mazurenko J. Šivic

International Conference on Learning Representations (ICLR) 12: 1-13 (2024)

Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization

A. Bushuiev R. Bushuiev P. Kouba A. Filkin M. Gabrielová M. Gabriel J. Sedlář T. Pluskal J. Damborský S. Mazurenko J. Šivic

International Conference on Learning Representations (ICLR) 12: 1-26 (2024)

Integrative analysis of multimodal mass spectrometry data in MZmine 3

R. Schmid S. Heuckeroth A. Korf A. Smirnov O. Myers T. S. Dyrlund R. Bushuiev K. J. Murray N. Hoffmann M. Lu A. Sarvepalli Z. Zhang M. Fleischauer K. Dührkop M. Wesner S. J. Hoogstra E. Rudt O. Mokshyna C. Brungs K. Ponomarov L. Mutabdžija T. Damiani C. J. Pudney M. Earll P. O. Helmer T. Fallon T. Schulze A. Rivas-Ubach A. Bilbao H. Richter L. Nothias M. Wang M. Orešič J. Weng S. Böcker A. Jeibmann H. Jeibmann U. Karst P. C. Dorrestein D. Petras X. Du T. Pluskal

Nature Biotechnology 41: 447–449 (2023)