Článek

Vědci vyvinuli novou metodu pro výpočetní návrh bioterapeutik

9. května 2024
Vědci vyvinuli novou metodu pro výpočetní návrh bioterapeutik
Interakce biologické molekuly stafylokinázy (vlevo/zelená) s proteinem plazminem (vpravo/červená) přítomným v lidské krvi. Aminokyseliny stafylokinázy zodpovědné za interakci jsou znázorněny malými kuličkami v různých barvách.

Výzkum bioterapeutik představuje slibný přístup k léčbě závažných onemocnění. Hlavní složkou jsou biologické látky jako například proteiny, které jsou upraveny tak, aby se zaměřily na konkrétní aspekty nemoci. Významný přínos v této oblasti hlavně pro léčbu cévní mozkové příhody učinil tým Josefa Šivice z CIIRC ČVUT ve spolupráci s vědci z Loschmidtových laboratoří Masarykovy univerzity a Mezinárodního centra klinického výzkumu a týmem Tomáše Pluskala z ÚOCHB.

Nová metoda s názvem PPIformer využívá strojové učení pro efektivnější návrh proteinů s vylepšenými interakčními vlastnostmi, čímž se otevírá cesta pro výrazné urychlení vývoje nových léků proti mozkové mrtvici i pro léčbu dalších onemocnění.

Výsledky výzkumu vědci prezentovali na jedné z nejvýznamnějších světových konferencí strojového učení ICLR 2024 začátkem května ve Vídni.

Více si přečtěte v tiskové zprávě ČVUT CIIRC.

Ilustrace navržené metody, která využívá jako vstup interakci proteinů spolu s cílovou záměnou (vlevo) a předpovídá účinek záměny na základě předpovězených pravděpodobností možných aminokyselin (vpravo).

  • Původní článek: A. Bushuiev, R. Bushuiev, P. Kouba, A. Filkin, M. Gabrielova, M. Gabriel, J. Sedlar, T. Pluskal, J. Damborsky, S. Mazurenko, J. Sivic, Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization, International Conference on Learning Representations (ICLR), 2024. https://doi.org/10.48550/arXiv.2310.18515 

Sdílet článek
Čtěte dále...
Prohlédnout všechny články arrow