Bioinformatická analýza katalyticky aktivních molekul DNA
Funkční potenciál nukleových kyselin
Popis projektu
Umělá evoluce je velice efektivní metoda, která umožňuje izolovat nukleové kyseliny se specifickými funkcemi (jako je schopnost vázat ligand nebo katalyzovat reakci) z velkých knihoven nukleových kyselin. Tuto metodu jsme použili pro různé projekty v naší skupině, včetně izolace katalyticky aktivních molekul DNA (deoxyribozymů), které generují chemiluminiscenční, fluorescenční a kolorimetrické signály nebo pro identifikaci deoxyribozymů štěpících RNA ze strukturovaných knihoven nukleových kyselin. Vysokokapacitní sekvenování je nedílnou součástí našeho experimentálního pracovního postupu, a tak hledáme studenta se zkušenostmi v bioinformatice, který nám pomůže tyto soubory dat zpracovávat. Kromě standardních přístupů, jako je hledání motivů a určování sekundární struktury kovariační analýzou, se zajímáme také o vývoj nových metod. Patří mezi ně například přístupy založené na strojovém učení k identifikaci variant deoxyribozymů s novými fenotypy.
Obor: Bioinformatika
Vysoké školy
Studenti doktorského studia musí být zapsáni na partnerské univerzitě a zároveň budou zaměstnáni na ÚOCHB na částečný nebo plný úvazek, což zajistí zajímavé finanční ohodnocení (univerzitní stipendium + plat na ÚOCHB). Každá univerzita má svůj vlastní přijímací proces, včetně termínů pro přihlášky, který je oddělený od přijímacího řízení na ÚOCHB. Podrobnosti můžete projednat s příslušným tutorem.
Partnerské školy
Jak se přihlásit
Jděte prosím na stránku PhD projects at IOCB Prague – Call for Applications 2025 a postupujte podle instrukcí.