Vývoj metod pro studium struktury a sekvence 5’ RNA konce

Nedávný objev RNA čepiček jako je NAD a CoA vedl k přehodnocení možných struktur RNA ve všech typech buněk. V naší skupině jsme objevili úplně novou třídu RNA čepiček – dinukleosid polyfosfátů (NpnN) v bakteriích i eukaryotických buňkách.

Tento projekt si klade za cíl vyvinout spolehlivou metodu sekvenování pomocí LC-MS s využitím různých selektivních RNáz. Tato technika bude použita ke zkoumání vlastností 5′ konců různých nekódujících RNA, jako jsou snRNA a snoRNA, a také pro studium míry methylace kanonické mRNA čepičky (nástroj k rozlišení mezi čepičkou 1 a 2). Navíc tato metoda poskytne cenný nástroj k analýze a kontrole kvality různých mRNA využívaných v biotechnologických aplikacích.

Reference:

• Hudeček, O., et al. Dinucleoside polyphosphates act as 5’-RNA caps in bacteria. Nature Communications, 11, 1052 (2020)
• Potužník, J.F.; Nešuta, O. et al. Diadenosine Tetraphosphate (Ap4A) Serves as a 5′ RNA Cap in Mammalian Cells. Angewandte Chemie, 63, e202314951, (2023)
• Benoni B., Potužník, J.F., Škríba A., Benoni R., Trylcova J., Tulpa, M., Spustová K., Grab K., Pačes J., Weber J., Staněk S., Kowalska J., Bednarova L., Keckesova Z., Vopalensky P., Gahurova L. Cahová H. HIV-1 infection affects NAD capping of host cell snRNA and snoRNA. ACS Chem. Biol., 19, 1243–1249 (2024)

Obor: Buněčná biologie