Vývoj metod pro studium 5’ RNA struktury a sekvence
Chemická biologie nukleových kyselin
Abstrakt
Nedávný objev RNA čepiček jako je NAD a CoA vedl k přehodnocení možných struktur RNA ve všech typech buněk. V naší skupině jsme objevili úplně novou třídu RNA čepiček – dinukleosid polyfosfátů (NpnN) v bakteriích i eukaryotických buňkách. Projekt bude zaměřen na vývoj nové obecné LC-MS sekvenační metody využívající různé typy RNas. Student následně využije techniku pro studium vlastností 5‘ konců různých nekódujících RNA (např. snRNA a snoRNA) a také pro studium míry RNA čepičkování mRNA (rozlišení mezi čepičkou 1 a 2). Navíc bude metoda využita k analýze a kontrole kvality různých mRNA vakcín.
Obor studia: Buněčná biologie
Reference:
- Potužník, J.F.; Nešuta, O. et al. Diadenosine Tetraphosphate (Ap4A) Serves as a 5′ RNA Cap in Mammalian Cells, Angewandte Chemie (2023). https://doi.org/10.1002/anie.202314951
- Hudeček, O., et al. Dinucleoside polyphosphates act as 5’-RNA caps in bacteria, Nature Communications, 11, 1052 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-14896-8
- B. Benoni, R. Benoni, J. Trylcova, K. Grab, J. Pačes, J. Weber, D. Stanek, J. Kowalska, L. Bednarova, Z. Keckesova, L. Gahurova, H. Cahova, bioRxiv 2022.11.10.515957. https://doi.org/10.1101/2022.11.10.515957
Vysoké školy
Studenti doktorského studia musí být zapsáni na partnerské univerzitě a zároveň budou zaměstnáni na ÚOCHB na částečný nebo plný úvazek, což zajistí zajímavé finanční ohodnocení (univerzitní stipendium + plat na ÚOCHB). Každá univerzita má svůj vlastní přijímací proces, včetně termínů pro přihlášky, který je oddělený od přijímacího řízení na ÚOCHB. Podrobnosti můžete projednat s příslušným tutorem.
Partnerské školy
Jak se přihlásit
V případě zájmu kontaktujte vedoucího projektu: hana.cahova@uochb.cas.cz